In den Google Webmastertools besteht seit einiger Zeit die Möglichkeit, eine bevorzugte Domain einzustellen. So kann den Suchmaschinen beim Vorkommen von Duplicate Content eine Entscheidungshilfe angeboten werden.
Ein kleines Beispiel: ich besitze www.marcusegger.de und natürlich auch marcusegger.de. In den Webmastertools würde ich nun unter Website-Konfiguration/Einstellungen beim Punkt „bevorzugte Domain“ die Option „URLs im Format www.marcusegger.de anzeigen“ einstellen, weil ich möchte, dass Google www.marcusegger.de bevorzugt und alle Suchergebnisse auch mit www.marcusegger.de präsentieren soll.

Prinzipiell sind Suchmaschinen normalerweise ziemlich gut beim Treffen einer sinnvollen Auswahl, trotzdem kann man hier aber mit Setzen der Option auf Nummer sicher gehen